Karşıyaka’da daha evvel 1996-1997 döneminde futbolcu olarak vazife yapan 60 yaşındaki Tolungüç kulüpte 2 farklı devirde teknik yöneticilik yaptı. 2015-2016 döneminin son haftalarında takım 1’inci Lig’de kurtuluş umudunu yitirdikten sonra misyona gelen Tolungüç, 2’nci Lig’de 2016-2017 döneminin devre ortasında ayrıldı.
Karşıyaka’yla 2019-2020’de ekip 3’üncü Lig’e düştükten sonra yine anlaşan deneyimli teknik adam, o dönem Play-Off finali oynattığı yeşil-kırmızılılardan 2020-2021 dönemi içinde son sefer ayrıldı. Soner Tolungüç, Karşıyaka’dan ayrıldıktan sonra kısa dönemler halinde Sarıyer ve geçen dönem İskenderunspor’da çalıştı. Geçen sezonki takımı dağılan, transfer yasağı bulunan, mali ve idari açıdan belirsizliklerin de bir türlü son bulmadığı Karşıyaka’da Tolungüç’ün bu kurallarda vazifesi kabul edip etmeyeceği ise bilinmeyen.
